Muziejus yra istorinio-memorialinio profilio, savo rinkinius formuojantis tematiniu principu. Jame komplektuojama istorinė-dokumentinė medžiaga, pasakojanti apie okupacinių režimų vykdytas represijas prieš Lietuvos gyventojus (1940–1990 m.), antisovietinė ir antinacistinė pasipriešinimo medžiaga bei žinios apie laisvės kovų dalyvius ir genocido aukas.