Merkinės piliakalnis įrengtas aukštumos kyšulyje, 100 m nuo Merkio santakos su Nemunu, abiejų upių dešiniuosiuose krantuose, Stangės kairiajame krante. Piliakalnyje stovėjo Merkinės pilis. Šlaitai statūs, 12-30 m aukščio. Vakariniame šlaite įrengti laiptai. Iki šių dienų išliko dalis aikštelės (5 × 7 m), manoma, ji buvo daugiau kaip 20 m skersmens, apjuosta pylimu.
Išliko pylimo fragmentų (1,5 m aukščio, 15 m pločio). Iki 20 a. pirmos pusės didžiąją dalį Merkinės piliakalnio nuplovė Stangės upė. Į šiaurės rytus nuo Merkinės piliakalnio yra papilys. Jo aikštelė ovalo formos, 150 × 300 m dydžio, be matomų įtvirtinimų. Šlaitai iki 15 m aukščio. 1997 ir 1998 čia rasta iki 80 cm storio kultūrinis sluoksnis.
Pietinėje ir vakarinėje piliakalnio papėdėse yra papėdės gyvenvietė. Ji tirta 1971, rastas 2 m storio kultūrinis sluoksnis. Radiniai: žiestosios keramikos dirbiniai, akmeninis sviedinys, 16–17 a. keramika, kokliai, plytos. 200 m į rytus nuo Merkinės piliakalnio yra 14 a. pabaigos–15 a. senkapis.
Piliakalnį 1971 tyrė D. Balčiūnaitė. Ištirtas pylimas, išskirti 3 jo raidos laikotarpiai, sietini su pilies (minima nuo 1377) užėmimais: iš pradžių buvo moliu ir akmenimis tvirtinta medinė siena aikštelės krašte (1391); jai sudegus, likučiai užpilti 2 m storio molio sluoksniu, paviršius suplūktas (1394); vėliau pylimas paaukštintas – užpilta žvyro ir ant jo pastatyta medinė gynybinė siena (1403). Vėliau pilis vėl atstatyta. Merkinės piliakalnis datuojamas 14–15 amžiumi. Jame stovėjo viena stipriausių lietuvių medinių pilių Nemuno gynybinėje sistemoje.
Vidmanto Balkūno nuotr.