Dvaro pirmtake laikytina ant Veprių piliakalnio stovėjusi medinė lietuvių pilis, kurią 1384 m., tarpusavio kovų dėl valdžios Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje metu, užėmė Vytautas, padedamas Kryžiuočių ordino. Piliai praradus savo gynybinę reikšmę, šalia iškilo dvaro pastatai.Per Švedų tvaną, 1656 m. rugpjūčio 12 d. pro Veprių dvarą Kėdainių link nuo rusų ir kazokų kariuomenės traukėsi Jonušo Radvilos daliniai. Ant piliakalnio buvę XVII a. Šemetų pastatyti renesansiniai dvaro rūmai buvo nuniokoti švedų per Šiaurės karą, 1704 m., todėl dvaro centras perkeltas į dabartinę vietą ežero terasoje, 250 m į pietvakarius.
XIX a. pradžioje pastatytas klasicistinis vieno aukšto rūmų pastatas, prie kurio vakarinės pusės XIX a. pabaigoje pristatytas dviaukštis klasicistinis, stačiakampio formos priestatas, papuoštas keturių kolonų portiku. Šiuo metu dvaro pastatų ansamblį sudaro keletas XIX a. – XX a. pradžios rezidencinių ir ūkinių statinių, su nedideliais pakeitimais išlikusių iki šių dienų.
Daugelis jų šiuo metu yra gyvenamieji namai. Ansamblį sudaro dviaukštė mūrinė spirito varykla (bravoras), dabar žinoma kaip “baltasis namas”” (pastatyta 1901 m.), medinis ir mūrinis kumetynai bei vadinamasis „kolonų pastatas“ – dvaro rūmai. Išlikę dvaro rūmai yra iš raudonų plytų statytas baltai tinkuotas santūrių klasicistinių formų stačiakampio formos dviaukštis pastatas, papuoštas keturių kolonų portiku su ornamentuotu frontonu. Kolonos yra stilizuoto korintinio orderio kapiteliais. Tradiciškai laikoma, kad iki šiol išlikę dvaro rūmai statyti XIX-XX a. sandūroje Adomo Pliaterio kaip senųjų rūmų priestatas, tačiau stilistiškai artimi XIX a. vidurio Lietuvos vėlyvojo klasicizmo architektūrai ir galėjo būti pastatyti dar iki 1860 m.”