Žemosios Panemunės piliakalnis yra ant kairiojo Nemuno kranto aukštumos kyšulio. Aikštelė keturkampė, pailga rytų–vakarų kryptimi, 49×18 m dydžio. Jos rytų gale supiltas 3,5 m aukščio, 21 m pločio pylimas, kurio išorinis 5 m aukščio šlaitas leidžiasi į 4 m pločio, 1 m gylio griovį. Žemės pylimui imtos iš 20 m pločio įdubos priešais pylimą. Vakariniame piliakalnio šlaite, 4 m žemiau aikštelės yra trikampė 10 m ilgio, 10 m pločio terasa. Piliakalnio šlaitai statūs, 25–30 m aukščio. Šiaurinis šlaitas, aikštelė ir pylimas beveik visiškai iškirsti, kita apaugę lapuočiais.Į piliakalnio viršūnę nuo Zapyškio – Kriūkų kelio veda mediniai laipteliai. Aikštelėje įrengta nedidelė poilsiavietė, iš jos atsiveria puikus vaizdas į Nemuno slėnį.