Linkuvos dvaro ištakos siekia XVI a. pirmąją pusę. Žinoma, jog tuomet jis priklausė bajorui Jonui Vydrai. XVII a. dvarą valdė Mlodzianovskių giminė. 1660 m. jėzuitas Andrius Mlodzianovskis dalį dvaro padovanojo Kauno jėzuitų kolegijai. 1773 m. dvaras atiteko valstybės iždui. Dvarą XVIII a. kurį laiką valdė pavieto iždininkas Mykolas Končius, vėliau dvarą įsigijo bajoras Juozapas Fergisas, kuris dvaro rūmus perstatė į trijų aukštų svirną. Nuo 1797 m. dvaro valdytojas buvo Anupras Zabiela. Yra žinoma, jog XX a. pradžioje dvarą valdė Strumilų šeima. Per Pirmąjį pasaulinį karą jame vokiečiai buvo įrengę belaisvių stovyklą, per karą mediniai dvaro rūmai sudegė. 1926 m. įgyvendinant žemės reformą dvaras buvo išparceliuotas, jo žemės išdalintos bežemiams valstiečiams, Lietuvos nepriklausomybės kovų savanoriams.
1927 m. dvaro centras su 46 ha žemės sklypu atiteko Kauno arkivyskupui metropolitui Juozapui Skvireckui. 1927–1940 m. laikytini dvaro „renesansu“: arkivyskupas J. Skvireckas senąjį mūrinį svirną perstatė į reprezentacinius dvaro rūmus, suremontavo apleistus ūkinius pastatus, atgaivino sodą, užveisė vienuogyną. Dvare arkivyskupo iniciatyva pastatyta Šv. Jono Krikštytojo koplytėlė, Marijos Maloningosios, „Poilsio“ (vaizdavo sėdintį arkivyskupą) skulptūros. 1941 m. dvaras pasipuošė Lietuvos krikšto 550 metų sukurta Kristaus Karaliaus skulptūrine kompozicija (jos autorė buvo vienuolė Marija Leonarda Šmulkštytė). 1951 m. dvaro pastatuose įkurtas Veterinarijos akademijos mokomojo ūkio „Bolševikas“ gamybinis cechas.
Sovietmečiu dvare pridygo menkaverčių ūkinių pastatų. 1992 m. dvaro sodybos pastatus perėmė Kauno miesto savivaldybė. 1996 m. Veršvos upelio slėniui kartu su Linkuvos dvaro kompleksu suteiktas kraštovaizdžio draustinio statusas, dvaro rūmai įrašyti į kultūros paveldo registrą. Pastaraisiais metais buvusiuose dvaro rūmuose gyvenantys žmonės žymiai pasistūmėjo į priekį tvarkydami iki tol labai apleistą dvaro aplinką.