Menkupių piliakalnis įrengtas bevardžio upelio suformuotame aukštumos kyšulyje. Aikštelė ovali, pailga šiaurės vakarų – pietryčių kryptimi, 40×49 m dydžio, per 1,5 m iškilusiu viduriu. Aikštelę aplink juosė pylimas, kuris geriausiai išliko šiaurės rytų ir šiaurės vakarų dalyse. Šiaurės vakarų aikštelės pakraštyje - 2 m aukščio, 11 m pločio pylimas, rytinėje pusėje – 0,5 m aukščio, 6 m pločio. Rytiniame piliakalnio šlaite, 3 m žemiau pylimo yra 13×15 m dydžio terasa. Kita 10 m pločio terasa yra į šiaurę nuo pylimo. Šlaitai statūs, 11-12 m aukščio.