Pajevonyje 1586 m. pastatytai bažnyčiai skirta 9 valakai žemės. 1600 m. dar duota 12. Iš jų sudarytas Salicininkų dvarelis, kurį iki 1797 m. valdė klebonas. 1674 m. minima apleista medinė bažnyčia.1736 m. pastatyta nauja. XVIII a. pabaigoje veikė parapinė mokykla. 1842 m. pastatyta šiaudais dengta mūrinė bažnyčia. 1875 m. pristatytos 2 koplyčios ir frontonas su 2 bokštais.1914 m. Vokietijos kareiviai bažnyčią susprogdino. Liko apirusios sienos ir dalis bokšto. Kunigo Mato Sakavičiaus rūpesčiu 1928 m. bažnyčia atstatyta, panaši į sugriautąją. Tačiau 1944 m. rugsėjo 1 d. traukdamasi Vokietijos kariuomenė susprogdino bažnyčios bokštus, apgriauta ir pati bažnyčia. Klebonas Vincas Jalinskas (Pajevonyje iki 1983 m.) 1968 m. bažnyčią atstatė. Vietoj bokštų pastatytas portikas. Bažnyčios remontui aukojo ir JAV lietuviai.Po remonto bažnyčia įgavo neoklasicizmo bruožų. Ji stačiakampio plano, su portiku, apside ir bokšteliu. Vidus 3 navų, atskirtų pilioriais. Vidurinė dengta kryžminiais skliautais. Šventorius aptvertas. Į jį veda platūs akmeniniai laiptai.