Vilkyškių evangelikų liuteronų bažnyčia pastatyta apie 1560 -uosius metus. Septynmečio karo metu Rusijos kazokai ją nusiaubė ir sudegino. 1711 m. bažnyčia buvo atstatyta. 1896 m. toje pačioje vietoje pastatytas naujas raudonų plytų neogotikinis bažnyčios pastatas su 45 m. aukščio bokštu. Bažnyčios vidų puošė stilingas altorius, vitražai, puikūs vargonai. Po antrojo pasaulinio karo buvo visiškai sudarkytas bažnyčios vidus, nugriautas bokštas.
Bažnyčios pastate veikė grūdų sandėlis ir malūnas. Lietuvai atkūrus nepriklausomybę bažnyčia grąžinta tikintiesiems. Padedant po pasaulį išsiblaškiusiems vilkyškiečiams, ji pradėta remontuoti. 1996 m. pastatytas bokštas, sutvarkytas stogas, langai, durys. Bažnyčia pasipuošė Rasos Grybaitės sukurtais spalvingais vitražais. Detmoldo parapija iš Vokietijos dovanojo vargonus, kurie, puikią akustiką išaugusioje bažnyčioje, suskambo po 50 – ties metų pertraukos. Dabar bažnyčioje laikomos pamaldos, eksponuojamos parodos, rengiami bažnytinės ir klasikinės muzikos koncertai.